Kun Thomas herää vangittuna valtavaan alati muuttuvaan labyrinttiin, jossa on myös joukko muita nuoria miehiä, hänellä ei ole mitään muistikuvia ulkomaailmasta, lukuun ottamatta outoja unia salaperäisestä organisaatiosta. Thomas ja muut kohtaavat joka käänteessä vaarallisia esteitä ja joutuvat yhdistelemään vihjeitä löytääkseen tien ulos ennen kuin on liian myöhäistä.