Joet ovat täällä taas ja heidät on lavastettu kärsimään rangaistusta hirvittävästä rikoksesta, johon he ovat syyttömiä. G.I. Joe – tiimin on jälleen kohdattava kuolettava vihollisensa Cobra ja lisäksi vaarallisia uusia uhkia hallituksen sisällä. Kun mikään muu ei auta, jäljelle jää vain yksi vaihtoehto: kosto.