Syvällä Johto-seudun syrjäisessä kolkassa on paikka, jossa kristallinkirkkaat vedet siintävät ja mustanpuhuvat vuoret kohoavat…ja siellä on myös salaisuus. Mewtwo ja hänen kumppaninsa superkloonipokémonit ovat viimeinkin löytäneet kodin, jossa he voivat elää rauhassa, kaukana ihmisten tunkeilevilta katseilta ja ennakkoluuloilta. Ensimmäisessä Pokémon-elokuvassa Mewtwo hävitti jäljettömiin kaikki merkit taistelustaan Mew’n kanssa, tuhoten samalla todisteet klooneista ja jopa omasta olemassaolostaan #33; Kaikkien muisti pyyhittiin tyhjäksi – paitsi Giovannin, joka on Mewtwon luomisesta vastuussa oleva pahansuopa taho. Nyt juonikas Rakettitiimin johtaja on saanut selville Mewtwon idyllisen piilopaikan. Ja tietenkin samaan syssyyn myös Ash, Pikachu ja heidän ystävänsä. Pian Giovanni asettaa Mewtwon tuskallisen valinnan eteen: luovuta itsesi hänen valtaansa tai katso vierestä kun superkloonit uhrataan. Tulinen taistelu näyttää jo varmalta, mutta sitten ainutlaatuinen ympäristö puuttuu peliin hätkähdyttävällä tavalla…ja Mewtwon kohtalo päätyykin Ashin käsiin #33;