300-luvun Rooman vallan alainen Egypti… Väkivaltaiset uskonnolliset mellakat kuohuttavat Aleksandrian katuja ja leviävät myös kaupungin maailmankuuluun kirjastoon. Loukussa rakennuksen sisällä huippuälykäs matemaatikko Hypatia oppilaineen taistelee epätoivoisesti säästääkseen muinaisen maailman viisaudet. Heidän joukossaan ovat myös kaksi miestä, jotka kilpailevat Hypatian sydämestä: viisas ja etuoikeutettu Orestes sekä Davus, Hypatian nuori orja, joka riutuu salatusta rakkaudestaan emäntäänsä tietäen, että liittymällä pysäyttämättömiin kristittyihin hänelle aukenisi tie vapauteen orjuudesta.