Rafe McCawley (BEN AFFLECK) ja Danny Walker (JOSH HARTNETT) ovat USA:n armeijan lentäjiä. He kasvoivat yhdessä kuin veljekset ja oppivat jo varhain lentämään tuholaismyrkytyskoneilla. Rafe on rakastunut Evelyn Johnsoniin (KATE BECKINSALE), sairaanhoitajaan, joka palvelee USA:n laivastossa. Mutta sota erottaa nuoret rakastavaiset, kun Rafe lähtee vapaaehtoisena taistelemaan Englantiin Eagle Squadron -joukkoihin, jotka koostuvat amerikkalaisista ja brittiläisistä sotilaista. Annettuaan juhlallisen lupauksen palata taistelusta takaisin Rafe suuntaa kohti Englantia. Samaan aikaan Evelyn ja Danny saavat siirron Havaijille paikkaan nimeltä Pearl Harbor. Paratiisisaaren rauha järkkyy äkillisesti, kun Evelyn ja Danny saavat tiedon, että Ray on saanut surmansa taistelussa. Surun murtamina he yrittävät tukea toisiaan ja lopulta rakastuvat. Mutta Rafe palaa yllättäin takaisin. Hänen paluunsa murtaa kaikkien kolmen sydämet, mutta ennen kuin he löytävät ratkaisun tilanteeseen, alkaa Japanin Keisarikunnan maa- ja ilmahyökkäys Pearl Harboriin, joka vaikuttaa niin heidän oman elämänsä kuin historiankin kulkuun. Yhdysvallat päättää kostaa Pearl Harborin tappion suunnittelemalla yhden historian uskaliaimmista ja odottamattomimmista sotilasoperaatioista: Tokion pommitus ilmailulegenda Jimmy Doolittlen (ALEC BALDWIN) johdolla. Kun Eversti Doolittle valitsee Rafen ja Dannyn johtamaan tätä sankarillisista itsemurhalentoa, ovat heidän elämänsä ja rakkautensa Evelyniä kohtaan vielä kerran vaarassa.