Kauan sitten Arceus lainasi osan mahtavasta Elämän jalokiven voimasta pois auttaakseen Michinan kaupunkia hädän hetkellä, mutta tuli kuitenkin petetyksi kun voima olisi pitänyt palauttaa. Nyt Arceus aikoo palata ottamaan takaisin varastetun voimansa ? kostonhaluisena ja lyömättömänä. Edes Dialgan, Palkian ja Giratinan voimat yhdistettynä eivät pysty pysäyttämään Arceuksen murskaavaa olemusta eri ulottuvuuksissa. Ash ja hänen ystävänsä ovat saattaneet keksiä uuden tavan muinaisen petoksen hyvittämiseksi, mutta ehtivätkö he palauttaa Elämän jalokiven, ennen kuin Arceus tuhoaa heidän maailmansa?