Myrskyn tarina alkaa vuonna 1989, jolloin Berliinin muuri murtuu. Suomalainen perheenisä kohtaa Itä-Berliiniläisellä torilla oudon koiranpennun, joka istuu laatikossa yhdessä kananpoikien kanssa. Pentu ollaan aikeissa lopettaa. Isä päättää pelastaa pennun ja kuljettaa sen perheensä lemmikiksi Suomeen. Marjamäen perheen äiti ja tyttäret, Muru, 7v, ja Minttu, 13v, ihmettelevät outoa karvapalloa. Kukaan ei tiedä koirasta mitään, edes sen rotua. 7-vuotias Muru ottaa koiran hellään suojelukseensa. Murun rakastavassa hoivassa Myrsky kasvaa ilman sääntöjä ja rajoja. Hellyttävästä karvapallosta kasvaa kuin huomaamatta valtava, traktorimainen lihaskimppu. Myrsky-koiran koskettava tarina perustuu tositapahtumiin. Elokuvan traaginen tausta on siinä, miten 1900-luvun Euroopan poliittinen koneisto käänsi ihmisen parhaan ystävän, koiran, ihmistä vastaan. Myrsky on elokuva kaikille eläinrakkaille.