Joan G. Robinsonin romaaniin perustuva Marnie – tyttö ikkunassa on maineikkaan Studio Ghiblin uusin animaatio ja ohjaaja Hiromasa Yonebayashin toinen elokuva Kätkijöiden (Arrietty) jälkeen. Elokuvassa 12-vuotias Anna on tätinsä talossa asuva ujo orpotyttö. Yhtenä iltana Anna löytää aution rantahuvilan, jonka ikkunassa vilahtaa hahmo. Kun tyttö nimeltä Marnie eräänä yönä hiipii ulos huvilasta, alkaa verraton ystävyys.